بر اساس یافتههای باستان شناسی، قدمت این بنای تاریخی به سال ۱۰۴۵ هجری قمری و متعلق به دوره صفویه و بنا به روایاتی این بنا به دوره افشاریه تعلق دارد اما به هر روی، کتیبه، سنگ نوشتهها و فرامین حک شده بر جدارههای اطراف سر در مسجد، بهترین گواه بر قدمت این بنای تاریخی است.مسجد آخوند، دارای یک حیاط، سالن اصلی، شبستان، حیاط خلوت، چند اتاق انباری و حوضخانه است.