پس از تعیین آیت اللّه العظمی حاج شیخ مسلم ملکوتی از سوی امام خمینی (ره) به نمایندگی ایشان در آذربایجان، معظم له که علاوه بر مراتب بالای علمی در زمینه های فقه و اصول و فلسفه، در زمینه تاریخ اسلام و ایران نیز از نام آوران بود، اعلام نمود که ارک علیشاه، ارک نیست، و همان مسجد جامع علیشاه است و باید به صورت مسجد درآید.