برخلاف استارتاپهای متداول در بازار، استارتاپهای اسلامی با چالشهای خاص خود روبه رو هستند. جذب سرمایه و بازاریابی به دلیل نیازهای خاص مسلمانان از جمله بزرگترین چالشهای پیش روی استارتاپهای اسلامی است.