مرحوم آقا در دفاع از دین و مبارزه با بدعتها بی نظیر بودند، هزار و دویست صفحه در رد و بررسی آراء شریعتی، کتاب شهید آگاه در رد کتاب صالحی نجف آبادی، کتاب «ایران تسمع و تجیب» در پاسخ به کتاب «اسمعی یا ایران»، کتاب «مع الخطیب فی خطوطه العریضة» در رد کتاب محب الدین خطیب و ده ها کتاب و رساله دیگر در پاسخ به شبهات، تنها نمونه ای از دفاع ایشان از مکتب بود.
در نوشتاری از آیت الله العظمی صافی گلپایگانی(ره) آمده است: الحق حضرت زینب(س) از اسلام، مجد و مفاخر بنی هاشم، شخصیت جدّ بزرگوارش رسول الله صلّیالله علیه و آله و قرآن مجید پاسداری کرد و اسلام و قرآن و دین توحید همه مدیون او هستند.
مراسم بزرگداشت آیت الله العظمی صافی گلپایگانی در حرم حضرت سیدالشهداء (ع) برگزار شد.
حضرت آیتالله صافی گلپایگانی در پاسخ به نامهای، قرآن و روایات و احادیث اهل بیت(ع) را روح هویت اسلامی و اقیانوس علوم دانستند که جامعه قدر آن را نمی داند.