به گزارش خیمه مگ،در سال ۱۳۵۶، بحرانی گریبان سلطنت پهلوی را گرفت که پی‌آمدهای آن پایان عمر رژیم را حتمی کرد و آن بحرانی بود که با شهادت آیت‌الله سید مصطفی خمینی آغاز شد.

ایشان در واپسین ساعات روز ۱۳۵۶/۰۷/۳۰ در منزل خود در شهر نجف اشرف به شیوه‌ای نامعلوم به شهادت رسید.

شهید مصطفی خمینی از بدو شروع نهضت اسلامی همراه حضرت امام خمینی بود.

ایشان اول بار در سال ۱۳۴۲ و پس از شروع نهضت دستگیر شد و پس از مدتی حبس، به ترکیه تبعید شد. پس از تغییر تبعیدگاه حضرت امام خمینی ایشان نیز در سال ۱۳۴۴ از ترکیه به عراق رفت و در شهر نجف ساکن شد.

آیت‌الله سید مصطفی خمینی حدود ۱۳ سال در حوزه علمیه نجف اشرف به تدریس و تألیف و تربیت طلاب علوم دینی مشغول بود و در کنار فعالیتهای علمی خود با انقلابیون مسلمان مرتبط بود و گاه تدارک آنان از ناحیه ایشان صورت می‌گرفت.

روحیه انقلابی وی، مشوق بسیاری از مبارزان برای فراگیری فنون نظامی و چریکی بود. بیشتر این فعالیتها نمی‌توانست از نظر جاسوسان رژیم شاه به دور باشد. به همین دلیل اگر هم درگذشت این روحانی مبارز را رویدادی طبیعی بدانیم، شخصیت مبارزاتی او انعکاسی جز شهادت، آن هم به دست رژیم شاه در اذهان مردم متبادر نمی‌کرد. هر چند خاطرات به جای مانده از آن زمان نیز دلالت بر شهادت ایشان دارد.

حجت‌الاسلام سید محمود دعایی درباره آن روز می‌گوید: «متأسفانه در بیمارستان پزشک کشیک پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفته‌اند. با علائمی که روی پوست بدن وجود داشت مشخص بود که مرگ طبیعی نبوده و ناشی از یک مسمومیت است.»

خانم معصومه حائری یزدی، همسر شهید حاج‌آقا مصطفی نیز در این باره چنین می‌گوید: «همان شب که حاج آقا مصطفی این طور شد، قرار بود که ساعت ۱۲ به منزل ما میهمان بیاید. من سخت مریض بودم. آقای دعایی که همسایه ما بود برایم دکتر آورد. از طرف دیگر آقا مصطفی شبها مطالعه داشتند. آن شب ایشان گفته بود اگر میهمان آمد، من در را باز می‌کنم، شما بخوابید. ما دیگر نفهمیدیم که میهمانان چه موقع آمدند و کی رفتند و چه شد.

صبح زود وقتی برای ایشان صبحانه می‌برند می‌بینند آقا مصطفی نشسته ولی سرش به پایین خم شده است. فوراً رفتم بالا. دیدم دستهای آقا مصطفی بنفش است و تکه‌های بنفش را روی سینه‌اش هم دیدم.

آقا مصطفی را بلافاصله به بیمارستان انتقال دادیم. وقتی خواستند از جسد او کالبد شکافی کنند، امام اجازه این کار را نداد و فرمودند عده‌ای بی‌گناه دستگیر می‌شوند و دستگیری اینها دیگر برای ما آقا مصطفی نمی‌شود. از طرف دولت بعث عراق نیز از اعلام نظر پزشکان جلوگیری شد و نگذاشتند پزشکان نظر خود را اعلام کنند. چون صد در صد مسمومیت بود، حتی پزشکان را تهدید کردند.»

«مرگ غیرمنتظره آیت‌الله سید مصطفی خمینی در حالی که هیچ‌گونه بیماری قبلی نداشت با شروع فعالیتهای سیاسی جدید امام در نجف از نظر همه یاران و شاگردان امام نمی‌توانست بدون ارتباط باشد. دلیل آنان این بود که حاج‌آقا مصطفی از شروع نهضت در سال ۱۳۴۱ در کنار امام قرار داشت، دست راست ایشان محسوب می‌شد و یک چهره انقلابی بود که با روحانیون، روشنفکران، دانشجویان مسلمان و مبارز داخل و خارج کشور ارتباط داشت. از این رو ساواک با به شهادت رساندن وی کوشید یک مخالف جدی را از سر راه رژیم برداشته و امام را تنها بگذارد.»

«پیکر آیت‌الله مصطفی خمینی را ساعت ۱۰ صبح از نجف به کربلا بردند و در آب فرات غسل دادند» و پس از تشییع با شکوهی در ایوان طلای مرقد حضرت امیر(ع) دفن شد.

نقل است که حضرت امام پس از شهادت وی به همسر بزرگوارشان فرمودند: «امانتی خداوند متعال به ما داده بود و اینک از ما گرفت. من صبر می‌کنم، شما هم صبر کنید و صبرتان هم برای خدا باشد.»

فردای شهادت آیت‌الله مصطفی خمینی، حوزه‌های علمیه نجف در عراق، و قم و تهران تعطیل شد و علمای طراز اول ایران با برگزاری مجالس ختم، یاد و نام این روحانی مبارز را گرامی داشتند.

با نگاه به اسناد به جای مانده از ساواک روشن می‌شود که مسؤولین این سازمان امنیتی به هیچ‌ وجه پیش‌بینی برپایی مجالس ختم و بزرگداشت این شهید را آن هم با حجمی که در سندهای این کتاب آمده، نمی‌کردند؛ به همین جهت مدیریت اداره کل سوم (پرویز ثابتی) با صدور دستورالعملی به مراکز ساواک در شهرهای مختلف از آنان می‌خواهد که مراقب برپایی مجالس ختم آیت‌الله سید مصطفی خمینی باشند و اگر تمجیدی از حضرت امام خمینی(ره) شد از برگزاری مجالس جلوگیری کنند. گستره این مجالس در سراسر کشور به نحوی بود که می‌توان گفت فضای سیاسی کشور در این برهه از زمان تحت تأثیر مستقیم این حادثه و بیشترین دلمشغولی نیروهای امنیتی و انتظامی رژیم شاه متوجه این امر بوده است.

ثابتی، که معمولاً تحلیل‌های ساواک را از حوادث روز می‌نوشت در بولتنی با عنوان «وضعیت هدفهای ۳۱۲» می‌نویسد:

«فوت مصطفی خمینی پسر روح‌الله خمینی در عراق به علت سکته قلبی در تاریخ ۳۰/۷/۳۶ [۳۰/۷/۵۶] مستمسک جدیدی به دست روحانیون افراطی و هواداران آنها داد تا مجدداً زمینه تحریک متعصبین مذهبی را فراهم نمایند.

به مناسبت فوت یاد شده مجالس متعددی در تهران و دیگر شهرهای کشور برگزار گردید و روحانیون افراطی فرصتی پیدا کردند تا از متوفی و پدرش تجلیل نمایند. در جریان برگزاری مجالس مذکور تعدادی از وعاظ افراطی مبادرت به عنوان مطالب تحریک‌آمیز و خلاف مصالح عمومی نمودند و عده‌ای از متعصبین مذهبی نیز شعارهایی به نفع خمینی و علی شریعتی دادند.

نکته حائز توجه در برگزاری مجالس مذکور تعداد مجالس تشکیل شده و هماهنگی کلام روحانیون وعاظی بود که در این مجالس سخنرانی می‌کردند و این نشان می‌داد که فعالیتها عموماً در جهت و محور مشخص قرار دارد و متعصبین مذهبی و روحانیون افراطی از کانالهای مختلف با یکدیگر در ارتباط هستند. این هماهنگی و ارتباط در مراسمی که به مناسبت چهلمین روز درگذشت متوفی در قم و برخی دیگر از شهرهای کشور برپا گردید مجدداً تجلی پیدا کرد ضمن آنکه وسعت تبلیغات گذشته را نیز به همراه داشت.

در مراسمی که به مناسبت چهلمین روز فوت یاد شده در شهر قم برگزار گردید، عده کثیری از طبقات مختلف مردم شهر قم و عده‌ای از دانشجویان متعصب مذهبی مراکز عالی آموزشی شرکت داشتند که بعد از پایان این مراسم تظاهراتی از طرف عده‌ای از شرکت‌کنندگان در مجلس مذکور و خیابانهای شهر قم انجام گرفت و شیشه‌های شعب بانکها در این شهر توسط اخلالگران شکسته شد.

اخلالگران حتی قصد اشغال مدرسه فیضیه را که بعد از تظاهرات اخلالگرانه طلاب علوم دینی در سال ۲۵۳۴ [۱۳۵۴] تعطیل شده بود داشتند که با مقاومت مأمورین انتظامی مواجه و متفرق گردیده‌اند. در این مجلس قطعنامه‌ای در ۱۳ ماده نیز قرائت و طی آن بازگشت خمینی به ایران درخواست شده بود.»

این تحلیل، هر چند از دیدگاهی امنیتی نگاشته شده است، امّا از آن جهت که شهادت آیت‌الله سیدمصطفی خمینی از عوامل عمده شتابزای نهضت اسلامی ایران بوده است با دیگر تحلیلها و تفسیرها مشابه است.

مصاحبه‌گر جریده لوموند که گفت‌وگویش با حضرت امام خمینی انعکاس وسیعی در سال ۱۳۵۶ در جهان داشت، قبل از آغاز مصاحبه‌اش در مقدمه‌ای می‌نویسد: «وی [امام خمینی] از سال ۱۹۶۵ به بعد یعنی پس از طی یک دوران تبعید در ترکیه، در نجف بسر می‌برد و مرگ (یا قتل) پسرش دلیلی برای شورش‌های متوالی شده است که هر چهل روز یک بار ایران را به لرزه در می‌آورد.»